Năm 1996 Thủ tướng chính phủ quyết định thành lập Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn 2 trên cơ sở sáp nhập phân hiệu trường cán bộ quản lý Lâm nghiệp tại Bình Dương vào Trường quản lý NN & CNTP để đào tạo 3 đối tượng cán bộ: Quản lý, CCVC nhà nước, Cán bộ khuyến nông và PTNT.

Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và PTNT II là nơi cung cấp các giải pháp quản lý; đào tạo và bồi dưỡng kiến thức, kỹ năng, thái độ cho các nhà quản lý trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn và cho xã hội. Trường hướng đến mục tiêu trở thành tổ chức hàng đầu chuyên về nghiên cứu khoa học, tư vấn và giáo dục - đào tạo phát triển nguồn nhân lực theo chuẩn mực quốc tế cho ngành nông nghiệp và cho xã hội với cơ sở vật chất kỹ thuật hiện đại, đội ngũ giảng viên có trình độ cao về lý luận, có khả năng giải quyết vấn đề quản lý phát triển trong thực tiễn kinh tế - xã hội.